No time to analyze this, but I'll post it anyway.

כי ידבר אלכם פרעה לא' תנו לכם מופת (2 תגין על פ'). רמז גם לעתי' יהיה כך. תנו לׄכׄםׄ מׄלׄךׄ המשיח: מופת (2 תגין). רמז מופתים העתידי'. לׄכׄםׄ מׄוׄפׄתׄ בגי' הׄתׄוׄרׄהׄ. מופת (2 תגין) פ' יום היו הלוחות.

קח | את מטך והשלך וגו'. רמז שיבא המשיח וזהו קח את מטך. כעניין שנ' מטה עוזך ישלח
את' רמז ב' משיח'.
א֜ת֜ מ֜ט֜ך֜ בגי' ז֜ה֜ו֜ מ֜ל֜ך֜ ה֜מ֜ש֜י֜ח֜.
וה֜ש֜ל֜ך֜. בגי' ש֜נ֜ה֜. כך המכות היו שנה.
והשלך לפני. רמז מן השמים יהיה זה האות.
יהי לתנין. לפי שפרעה נמשל בו שנ' התנים הגדול הרובץ: ועוד רמז שיֵעשו פלאות לימות המשיח.
והשלך לפני. כפופ' ראשי למדין מלמעלה למטה כלו' ממרום יעשה נפלאו':
יהי לתנין. יר יפקוד יי בחׄרׄבׄו הקשה על לויתן נחש בריח ועל לויתן נחש עקלתון והרג את התנין אשר בים. רמז זה פרע' וממרום יפקוד בחרבו על פרעה וזהו יהי לתנין ( ) רמז נחש עקלתון הנון עקלתון: בריח ועקלתון רמז היה פרעה אומר אשלח אתכם ואחר כ' ויחזק לבו. וזהו עקלתון.
פרעה יהי לתנין. הוא התנין הוא שנ' בו והרג את התנין אשר בים ואהיה בים. האומו' הן התניני' וכת' בלענו בתנים (!) וכת' תרמוס כפיר ותנין. שברת ראשי תנינים על המ' וזהו פרעה יהי לתנין ו עקלתון.
קח את מטך. א֜ת֜ מטך אילו המכות והשלך לפני שילקו במטה. ומן השמים הוא וזהו :
תנין. נ' כפופ' ון' פשוט'. נחש בריח ונחש עקלתון.
. בזכות אברה':
יפקוד יי במר' על לויתן נׄחׄשׄ בריח. ועל לויתן נׄחׄשׄ עקלתון. הם מׄשׄיׄחׄ מׄשׄיׄחׄ ב' משיחים. והרג את התנין. אילו האומות. ד"א יהי לתנין זה המשיח וה כמו ינון שמו:
יהיה לתנין משיח.
יהיׄהׄ לתׄ ת' באתב"ש א' הרי אׄלׄיׄהׄ
. ינון שמו ינין כת': ינון משיח:
לפני פרעה. אילו האומו':
תנין לתנין ה בנו֒ן.
יהי לתנין. ויהי לתנין בלעני כתנין: והרג את התנין מחוללת תנין. וכל כיתב' דכו':
נׄדׄרׄוׄשׄ הׄמׄסׄוׄרׄתׄ: יהי לתנין ויהי לתנין. האומות בלעני כתנין. והרג את התנין זה פרע' וכת המחצהת רהב מחוללת תנין. זה פרע'. בים סוף נעשה וזהו התנין אשר בים:
ד"א הכל על אדום כמו שאמרנו: ע'כ':
ויהי לתנין: פרעה היה לתנין וכת' והרג את התנין:
יהי לתנין ויהי לתנין לית לית. רמז לא היה כן: ורמז באתבש הת' אׄלׄיׄהׄ כמו שאמרנ': לכך נא' יהי:

[...]

חמרים חמרם (2 תגין על כל מ'). תגין על מ' של חמרם. רמז על אותם חמרים שנ' גבי שליו במ' שנה. שנ' הממעיט אסף עשרה חמרים:

(I can’t figure out the point of this one. It’s a hyperlink to the quail, but so what? The next comment in the commentary says that the frogs , which died, are an allusion to the nations – Edom, Gog, and his forces – at the end of days. But still – how is this connected to the quail in the wilderness? Beats me.)